从第一话到现在的主线剧情的坑（无论大小），就当本人有强迫症吧，不可能完全列出（以下排名可能不按作品话数顺序）
1.组织的背景（包括成立时间，人员数目，目的，为何会这么黑暗和庞大，BOSS是谁等）！
2.贝尔摩德的过去及她的真实性格（包括加入组织的原因及时间，永葆青春的秘密，对灰原父母的憎恨，成为BOSS女人的经历，为什么要同时扮演自己和自己的母亲，作为莎朗时与板仓卓的争吵，为何觉得上帝不曾对她微笑，作为莎朗时述说的经历的真假，A药和自己的关系，她和世良的接触，她和黑羽盗一的接触，性格有黑有白的矛盾，为何做事总是秘密主义等）！
3.贝尔摩德和琴酒的关系！
4.贝尔摩德在组织的地位！
5.贝尔摩德对组织的了解程度！
6.波本的过去及他的真实性格（包括波本加入组织的时间和目的，波本与灰原父母的相识，波本与伊达航的关系，波本为何会到**学校就读，波本为何与赤井秀一结怨，波本和琴酒关系的成因，波本和世良的接触，波本为何身在组织确有时露出白的一面，为何做事总是秘密主义等）！
7.波本在组织的地位！
8.波本的实力！
9.波本为何到波洛咖啡厅打工！
10.波本对柯南的怀疑的发展！
11.伊达航的过去（包括和波本高木等的关系，以及在警校的经历）！
12.伊达航的死亡事故细节！
13.冲失昴所有的信息（包括他究竟是谁，时不时露出的组织气息但又可以自己控制的原因，和柯南的关系，和组织的关系，在商场里撞倒朱蒂从而对她说的话的含义，灰原由于他和赤井秀一说出同样话之后给她的感觉描写后续，“她”的约定这个“她指的是谁？什么约定？对柯南身份的怀疑的细节，为什么对灰原说出“这不是你的地盘”，为什么对灰原姐妹这么了解，和世良的关系，为何眼睛后来跟赤井秀一一样等）！
14.赤井秀一的过去与真实性格（包括他和妹妹世良的经历，他和朱蒂的往事，他和明美交往的细节，他在组织的经历，这其中又包括他怎么样加入组织，在组织做了什么事情导致他晋升这么快，和波本交恶的原因，为何称琴酒为“亲爱的宿敌”，与灰原的关系，对A药的了解程度，他做了什么让组织如此惧怕，他性格的成因，包括他为什么单独行动，时而冷酷时而有感情等等）1
15.赤井秀一为何跟詹姆斯说“恋人”“破镜重圆”等等!
16.赤井秀一的两个手下是谁!
17.赤井秀一和柯南以及水无怜奈有什么计划!
18.赤井秀一当时打翻咖啡出现特写的原因!
19.赤井秀一“赴死”前和詹姆斯又说了什么!
20.赤井秀一“死前”和水无怜奈对话的含义！
21.赤井秀一死了吗（包括两幅图片中尸体的头部不一样和列车上出现的赤井秀一是谁）！
20.詹姆斯的谜团（包括他如何成为FBI的BOSS，他和世良发生过什么事等）！
21.在商场里给朱蒂写字条的究竟是谁！
22.世良真纯的过去和真实性格（包括她和赤井秀一的经历，她的母亲是谁，她和家人三年前移居美国的细节，她身手如此矫健的原因，她为什么知道工藤新一这么多事情，她和詹姆斯有过什么事情，她跟FBI发生过什么事情，她和波本发生过什么事情，她和灰原发生过什么事情等等）！
23.世良真纯的职业！
24.世良真纯对工藤新一有什么感情！
25.世良真纯来日本的目的（包括她的立场）！
26.世良真纯对于伤疤秀一的看法和后续！
27.琴酒的过去（包括他加入组织的目的和时间，他天生就冷酷吗，他和灰原的关系，他和贝尔摩德的关系，他为何和波本交恶等等）！
28.琴酒在组织的地位！
29.琴酒当时没被柯南麻醉针伤到的原因！
30.琴酒对毛利小五郎怀疑的后续！
31.伏特加的真实面貌！
32.伏特加的过去（包括加入组织的目的和时间，如何成为琴酒的手下等）！
31.匹斯可的过去（包括对组织的贡献，和BOSS的关系等）！
32.基安蒂和科恩的过去（包括加入组织的目的和时间，在组织完成过什么任务而出名等）
32.基安蒂和科恩和苹果白兰地的关系！
33.赤井秀一暴露后水无怜奈的处境！
34。工藤优作和ICPO的关系、！
35.工藤优作借助ICPO调查的后续！
36.工藤有希子和冲失昴交流的细节！
37.灰原哀的过去和性格（她加入组织的细节，当时发生了什么让她难以释怀的事，她在组织研究药物的细节，她对于组织目的和BOSS的了解，她和琴酒的关系，她和赤井秀一的关系，她为何一开始说些让人无法理解的话而且冷酷）！
38.宫野明美的过去琐事和性格（包括和父母的经历，和赤井秀一交往的细节，爱哭又逞强的个性的表现等）！
39.宫野夫妇的过去和真实性格（包括他们怎么加入组织，在组织发生过什么事情，为何研究药物，死亡之谜，为何艾莲娜的性格对外人沉默其实是天使等）！
38.小兰对赤井秀一为什么有“即将被破坏”之类的感觉！
39.小兰对冲失昴有种似曾相识的感觉该怎么理解！
40.毛利小五郎在基德事件中对柯南用那种眼神看！
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