平菇生理性病害也叫非侵染性病害，是指由于非侵染性病原的作用引起的平菇不能正常新陈代谢的病害。通常是由于平菇生长环境不适宜而引起的，如:温度光照、通风、湿度这四大要素及其互相作用。栽培措施不当也能够引起生理性病害，如:菇房空气湿度过高或过低、菇房光线过强或过弱、通风不良引起的二氧化碳浓度过高等。平菇生理性病害不需要用药物进行治疗，也不会传染扩散，只要有针对性地改善菇房环境，较轻的生理性病害会逐渐恢复正常。畸形、变色是最常见的平菇生理性病害的症状。1.菜花菇原基密集，但菌盖和菌柄并无明显分化，表面上只是一个菜花状的白疙瘩，没有任何商品价值。(1)主要原因1、拌料时加了平菇极为敏感或毒性较大的农药。2、菌丝发菌、出菇过程中，菇场内或菌袋上喷洒了平菇极为敏感的敌敌畏、速灭杀丁、除虫菊酯等杀虫农药。3、二氧化碳的浓度过大。 4、如果不存在上述原因，有可能是菌种携带病毒造成的。(2)解决办法：加强通风、 避免使用农药。
2.高脚菇患高脚病的平菇也名高腿状平菇、高脚菇、喇叭菇、长树菇，子安体菌盖极小，菌柄粗长。子实体不形成菌盖，形同高腿状。(1) 主要原因1、平菇从原基期向珊瑚期转化时没有及时通风、光照强度偏弱，子实体不能正常分化。
2、低温季节，特别是北方寒冷地区，为了保温，棚内通风少，二氧化碳浓度高产生高脚菇。(2)解决办法遇到以 上两种情况只要加强通风、注意光线即可逐渐恢复
3.盐霜状平菇子实体产生后分化很慢，在已经分化的菌盖表面出现一层像盐霜一样的东西，这是因为棚中的温度太低所致，一般黑色软柄平菇在气温低于4°C时就容易出现这种情况，解决的办法是要注意保证菇棚温度。4.菌盖表面生瘤状物菇体分化发育后在菌盖表面形成许多皱印或瘤状物，这类现象大多发生在黑色软柄品种上。主要原因有:气温低、受冻。解决的办法是要注意保证菇棚温度。也有可能是菌种携带病毒造成的。
5.酱红色平菇灰黑色平菇品种在冬季产菇头潮为酱红色。(1)主要原因1、棚内温度和棚外温度温差过大。2、因棚内加温把草帘掀开，造成强光直射菇体，光线越强，红色越重。(2)解决办法：以上均为菇体遇环境变化发生的正常生理现象。随着气温回升，棚顶覆盖物增多、棚内外温差减小或通风量增加，菇体色泽也趋于正常。
6.头潮菇长不大头潮菇如果没有任何病害，菇体却长不大就老熟卷边，大都是由于菌丝内部生理成熟度不够造成的，如菌丝生长没有完全满袋或刚刚满袋愈合就出菇，由于袋内营养未积累成熟，所以不能向菇体输送养分。遇到这种现象也不用担心，到第二潮时，就会恢复正常。7. 花边平菇子实体长大后，菌盖边缘参差不齐，多呈波浪形或花边此种情况发生的主要原因:棚内外温差过大、温度过高。遇到此现象需及时治疗，降低温度、减小温差、增加湿度。气温适宜后，下潮菇中花边平菇会自然消失。如果条件改善后还不能解决问题，那么有可能是菌种携带病毒造成的。
8.子实体袋内出菇产生原因是菌袋，上有破口，空气进人引起袋内长菇。遇到这种情况应及时清除袋内小菇，用透明胶布封好缝隙，使菌袋从两头出菇。9.子实体干枯菇体从上向下干枯，不腐烂，无其他杂菌发生，这是因为空气湿度过低和培养料严重缺水。当这种情况发生时，应该及时喷水增加空气湿度，并往培养料里面注水增加含水量。
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