曾国荃攻陷天京后，忠王李秀成携幼天王出逃不久被俘。李秀成是自洪秀全死后太平天国的实际领导人，那么按照正常的程序，李秀成应该被解赴京城在午门前举行一个重大的献俘仪式，从而标志着太平天国运动的失败。
然而这么重要的一个人物，却在金陵被曾国藩秘密处死了。曾国藩此举是冒着极大风险的，这不符合他向来谨慎低调的作风。那么曾国藩为何要处死李秀成？朝廷为何又没有追究他的责任呢？
曾国藩处死李秀成的动机天京收复后，曾国藩与他的御用秘书赵烈文来到金陵。当时曾国藩面临最棘手的问题有两个：一是如何上报洪秀全死亡之事及幼天王的去向；二便是如何处置李秀成。
第一件事曾国藩处理得很妥当，避免了朝廷对曾氏兄弟的猜疑。第二件事则让他颇费周折，一度拿不定主意。
经过几番思索，曾国藩找来赵烈文征求意见，他说打算将李秀成就地正法，不必等朝廷的指示。赵烈文也认为李秀成决不能押解京城受审，在旨意下来之前先下手为强。
赵烈文的意见坚定了曾国藩处死李秀成的决心，但他觉得李秀成是个人才，所以对他尚存怜悯之心。故而曾国藩亲自来到囚禁李秀成的地方，与他进行了最后一次谈话。
曾国藩对李秀成说：对你的处理要等候朝廷的指示，不是我能决定的。等朝廷有了明确指示再告诉你。
第二天，曾国藩就派人通知李秀成说：你国法难逃，曾大帅不能为你开脱罪责。李秀成听了很感动，说：中堂厚德，铭刻不忘，今世已误，来生愿图报。
曾国藩的一番谎言，让李秀成信以为真，所以他至死也不清楚是曾国藩要处死他的。不过曾国藩也算是菩萨心肠，没有对李秀成处以凌迟极刑，只将他的首级传示各省，并用棺材装殓他的尸体。
曾国藩的做法不太厚道，颇有假仁假义之嫌。他迫不及待地要处死李秀成，其根本原因就是怕李秀成到京后，会说出一些对他不利的话，遭到朝廷的猜忌。归结起来大致有三点：
其一是关于“圣库”问题。攻陷天京后，曾国荃纵兵抢劫，李秀成对此知之甚详，一旦到京受审说出实情，对曾国荃和湘军其他将领极其不利，曾国藩自然也难逃失察之责；
其二是曾氏兄弟历次奏报战绩，这些战绩水分颇多多所夸饰。李秀成到了京城后，为了活命难免一一拆穿；
其三是金陵城破之后，湘军只顾抢掠，对太平军毫无防范，致使幼天王洪天贵福轻易逃脱以及李秀成为方山村民活捉等一系列事实真相都将大白于天下，这对曾氏兄弟包括整个湘军的声誉，都将造成巨大的损害。
基于以上几点考虑，曾国藩到了金陵了解全部事实真相之后，权衡利弊坚决果断地把李秀成和洪仁达处死。老奸巨猾的曾国藩认为，与其留着李秀成，不如冒些风险，将他们就地正法为好。
曾国藩不是莽夫，既然杀了李秀成就要尽力做到自圆其说，要让朝廷相信他有不得不这样做的理由。
李秀成死后，曾国藩便向朝廷上了一道折子，说明其中原因。曾国藩本人就是文章高手，身边又有赵烈文这样的高参，做这种假话连篇、强词夺理的文章自然不在话下。在他们的周密谋划下，朝廷便哄得无话可说。
奏折中有一段话讲得十分精辟：
臣窃以为圣朝天威，灭此小丑，除僭号之洪秀全外，其余皆可不必献俘，陈玉成、石达开既有成例可援。且自来元恶解京，必须诱以甘言，许以不死。李秀成自知万无可赦，在途或不食而死，或窜夺而逃，翻恐逃显戮而贻巨患。臣与弟国荃熟商，意见相同，辄于七月初六日将李秀成凌迟处死。
这段话中“凌迟处死”是明显的假话，其他都是冠冕堂皇的理由，曾国藩说他这样做是有先例可循，而且是为了不把难题抛给朝廷。因为如果要保证活生生地把李秀成押到北京，就必须事先答应他不死的条件，而根据李秀成犯下的罪行，朝廷又不能不处死他，所以与其给朝廷出难题，还不如就地正法为妙。
当然朝廷不答应李秀成活命的条件也不是不行，但将面临两个后果，要么就是绝食而亡，要不就是绝望而逃，不管如何都不如就地正法。
要说李秀成绝食而亡尚能说得过去，说他绝望而逃则十分牵强。曾国藩后来也意识到这一点，于是在奏折的夹片中，又附上了一段话：
臣在皖时，声明该酋应如何处理，到营察酌具奏。到后知其被缚时，民人助之，杀伤亲兵某某，又已入囚笼，而伪松王陈得风尚为跪拜。臣以其人心未去，党羽尚坚，故决计就地正法。
奏折上达之后，曾国藩又让赵烈文整理出了李秀成的供词，即后人所称的《李秀成自述》。这份供词多达五六万字，叙述了咸丰四年以后太平天国军中的事情，叙事井井有条，就连赵烈文都觉得李秀成是个不可多得的人才。
曾国藩对这份供词很重视，每一个字都不放过，都必须经过自己严格审查，凡是不利于自己的地方，都被他做了精心删改。最终经过整理后才报送军机处。
朝廷收到曾国藩精心筹划的奏折和李秀成的供词后，自然也没话说。毕竟曾氏兄弟是镇压太平天国运动的功臣，犯不着为这点小事为难于他。
,
