miRGen数据库使用教程
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亲爱的小伙伴们大家好，欢迎大家来到数据库专栏~本周我们继续讨论一下miRNA和转录因子的数据库。上周我们介绍了Transmir数据库，用来查询转录因子下游的靶miRNA或者已知miRNA查询上游的转录因子。无独有偶，还有一个Mirtrans数据库有类似的功能，总归是逃不过mir和trans哈哈，可惜的是Mirtrans数据库最近服务器有点问题不能正常使用，我们先Mark一下，下次再介绍。今天介绍的主角是DIANA Tools下的一个子数据库miRGen数据库。说到DIANA Tools下的数据库简直各个都是我的心头好啊，不仅页面简洁大气，操作起来也非常容易，各个子数据库之间长的还像，简直是学废了一个其他都可以一并学废，这种活好不粘人的数据库谁不爱呢？
miRGen数据库网址为：
http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3/index
大家使用的时候不要忘记引用参考文献哦：
Georgios Georgakilas, Ioannis S. Vlachos, Konstantinos Zagganas, Thanasis Vergoulis, Maria D. Paraskevopoulou, Ilias Kanellos, Panayiotis Tsanakas, Dimitris Dellis, Athanasios Fevgas, Theodore Dalamagas, and Artemis G. Hatzigeorgiou "DIANA-miRGen v3.0: accurate characterization of microRNA promoters and their regulators" Nucl. Acids Res. (2016) gkv1254
一、miRGen数据库功能介绍
miRGen数据库于2016年由希腊色萨利大学巴斯德研究所开发，是DIANA tool数据库网中的一个子数据库，主要用来分析miRNA的启动子和调控因子，并可批量下载。点击数据库主页面右上角的“Tools”，可链接到DIANA数据库的其他子数据库。miRGen数据库收录了7个人类细胞株（SK-N-SH, IMR90, HUVEC, HepG2, A549, K562, ESCs）和8个小鼠细胞株的结果，今年更新到了第四个版本，本次讲解以第三版为例说明。
输入网址http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=mirgenv3/index，进入数据库主页面：
可以看到数据库中需要我们输入的一共两个地方，分别为页面中央的miRNA与Transcription factor检索框。其中在miRNA检索框中输入miRNA，即可检索可以调控该miRNA转录的转录因子，在Transcription factor中输入转录因子，即可检索该转录因子可以调控转录的miRNA。点击右上方的“Download”可以输入个人信息后请求下载miRGen数据库收录的内容。我们点击最下方的“Run our example”，以示例数据为例说明该数据库的功能：
示例数据中同时输入了miRNA（hsa-let-7a-1，hsa-mir-22）与转录因子（SP2，REST，EGR1），则结果页面展示了这两个miRNA与三个转录因子之间存在的可能的调控关系：
页面下拉，左侧为检索结果的过滤器，可以通过设置Tissues & cell lines（细胞株），Upstream & Downstream （上/下游位置），P-value（p值）以及TPM（TPM值，对，就是测序中的那个TPM，Transcripts Per Kilobase of exon model per million mapped reads）等来对结果进行筛选。右侧为对应的检索结果列表，其中miRNA name为miRBase v21收录的miRNA名称，TSS Coordinates为转录起始位点，Tissue &cell line为结果检索的细胞系/组织，DIANA Links即DIANA数据库的其他链接（mT：microT-CDS，TB: TargetBase V7, lnE: lncBASE Experimental, InP: lncBASE Predict, mP: miRPath V3）。我们以第一条hsa-let-7a-1为例，点击最右侧向下的箭头看下具体内容：
中间四行分别提供了指向miRBASE数据库、UCSC数据库、DIANA数据库的链接。下方TF name及Num of binding sites分别显示了转录因子名称和结合位点数量。我们以SP2为例，点击最右侧向下的小箭头：
出现了结合位点的具体信息，依次为motif序列，转录因子在细胞株中的表达量，Ensembl ID以及在染色体上的具体坐标等。本次示例数据是同时输入了miRNA与TF进行检索的结果，单次输入miRNA和转录因子的操作相同，此处不再赘述。
二、文章复现
我们接着结合一篇文献来看下如何使用miRGen数据库。案例文献于2018年发表在Biomedicines杂志上，影响因子为4.717分。文章的题目为Roles of NF-κB Signaling in the Regulation of miRNAs Impacting on Inflammation in Cancer，PMID：29601548：
本文为一篇综述，探讨NF-κB转录因子在肿瘤炎症中的作用，我们来尝试复现一下文章的Table 1：
结合文章内容可知，这个表主要是为了展示可以受NF-κB转录调控的miRNA有哪些。那么打开miRGen数据库后，在转录因子一栏输入NFYB。注意，在miRGen数据库中，NF-κB即为NFYB：
如上图所示，保留hsa开头的人的miRNA，并将结果整理到Excel中，即为文章中的Table 1。
好了，miRGen数据库的介绍就到这里了，大家也可以感受到这个数据库的操作属实简单，功能却十分强大。如果预测的结果比较多，大家还可以结合Transmir数据库的结果取个交集缩小一下范围。我们下期再见~
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