身心饱经痛苦折磨的布鲁斯被困在暗无天日的深坑监狱，永生不死的忍者大师出现告诉布鲁斯一个惊人的秘密：原来他曾经是一名受雇于当地军阀的雇佣兵，后来他爱上了军阀的女儿。两个人的结合遭到军阀阻止，军阀将他关进这个监狱，但是很快又给流放到外面。当时还没有成为忍者大师的雇佣兵并不知道，是军阀女儿求情才让他得以释放，可已经怀有身孕的女人替代他被关进深坑监狱。
军阀女儿在深坑监狱里生下了雇佣兵的孩子，日子异常艰难。待孩子长大一点后，某一天军阀女儿遭受其他囚犯的欺辱，可怜的孩子扑上前去救母亲，被囚犯推到一边。孩子有一个非常要好的大朋友，大朋友冲过来将孩子救下，但是军阀女儿却因经历折磨，很快去世了。
反派当中你最牛
忍者大师所领导的影武者联盟将会有继承人来完成未竞的事业——毁掉高谭市。布鲁斯意识到贝恩就是那个孩子，也就是忍者大师的孩子。布鲁斯抓紧时间拼命锻炼身体，期盼尽快恢复行动自如。多亏了常年累月的艰苦训练，以及随身环绕的主角光环，帮助他伤患恢复得特别快。特此声明，本桥段纯属虚构，现实中切勿模仿。
贝恩统治高谭市已经有三个月了，警察局长戈登、新兵布雷克还有留在地面的少数警察，一直都在暗中联络被困在下水道底的警察们，想要推翻贝恩的暴政，但首先得掌控住中子弹。来自美国特种部队上尉通过福克斯那里了解到中子弹一直在进行核衰变，到了时间期限后无论有没有引爆，同样都会炸。上尉准备回去通知军方结果被贝恩拦截杀害，布雷克意识到自己人中间存在有内奸。提前透露：这个内奸绝对是大家意料不到的人，也只有这样剧情反转才更有意思。
整个城市都能看见蝙蝠侠
布鲁斯历经多次挑战，终于成功地从深坑监狱里爬上地面。他偷偷返回高谭市，在街头找到猫女。猫女看到恢复如常的布鲁斯，内心感到一阵难过，因为就是她的出卖才让布鲁斯落得断背入狱的地步。布鲁斯不计前嫌，再次请猫女来帮助自己找到福克斯，同时愿意消除猫女的犯罪记录档案。猫女被感动了，答应一起去寻找福克斯。
按照日期推算，距离中子弹爆炸还剩18个小时。戈登带领仅剩的十几名警察开始反击，这时泰特小姐也主动要求加入抵抗组织。他们刚刚查探到装运中子弹的货车时，就被贝恩手下包围抓获。这肯定又是内奸的杰作！超级罪犯稻草人充作法官，宣判戈登等所有警察死刑。猫女带着布鲁斯混入犯罪分子的窝点，救出福克斯和泰特，然后布鲁斯进入蝙蝠侠隐秘基地，换上蝙蝠衣。黑暗骑士蝙蝠侠，重新崛起！
皮衣美女老司机
夜幕降临，被迫行走在冰面上的戈登和众警察，碰上了蝙蝠侠。蝙蝠侠交给戈登一个电磁波阻断器，装在卡车上可以阻断中子弹引爆器的信号。同时擅长多重影分身术能够四处赶片场的蝙蝠侠又在地下隧道前拯救了布雷克，并炸开堵在隧道口前的石块，将埋在地下五个月的大批警察放出。有些奇怪，也不知道他们这么多人在下水道里五个月时间都是吃啥喝啥？噫！不能往细里说，说出来太膈应人。
蝙蝠侠将蝙蝠摩托交给魔女，让猫女用摩托炮炸开城市道路的障碍，方便更多的人逃离。猫女深情地望着蝙蝠侠说：“跟我一起走吧。”蝙蝠侠说：“不行，我还要留在这里打败贝恩，因为这是我的城市。”猫女说：“八年来这个城市里的人一直唾弃你，饱受苦难的时候他们都没有来救过你。”蝙蝠侠说：“我一定要去救他们，否则以后就没人来看我的电影了。”猫女说：“好吧，祝你票房大卖，拜拜！”
老伙计又见面了！
猫女骑上摩托飞驰而去，蝙蝠侠望着猫女离去的倩影说：“摩托车就送你吧，因为我还有更好的飞机。”这时天已大亮，警察们在市政厅门口与贝恩暴徒们遭遇，蝙蝠侠驾驶飞机将暴徒控制的蝙蝠坦克击坏，警察们开始奋勇出击与暴徒混战一起。这时分身蝙蝠侠出现在混战中，单寻贝恩来SOLO！贝恩惊讶地看到能跳能走的蝙蝠侠，问道：“你是喝了盖中盖吗？”蝙蝠侠说：“我从不吃药！”一把将贝恩的氧气管拔掉了，贝恩的新冠肺炎后遗症发作，登时喘不过气来。蝙蝠侠立即趁你病要你命，飞起一脚把贝恩踹到房内。
泰特小姐被羁押在房间里，蝙蝠侠一见赶忙走上前准备拥抱泰特。万没想到泰特手持一把匕首插进蝙蝠侠的肋部，疼得蝙蝠侠直抽冷气：“你竟然朝我背后捅刀子！”泰特阴沉地说：“从监狱里逃出的小孩其实是我，忍者大师是我的父亲，贝恩就是在监狱里救我的大朋友。”蝙蝠侠又惊讶又痛心：“你这个内奸怎么能隐瞒这么深！”泰特冷冰冰地说：“没想到吧，我的演技可是拿过奥斯卡最佳女主角的。”蝙蝠侠：“真的吗，你是哪一部拿的？”泰特说：“2008年的《玫瑰人生》。”蝙蝠侠惊奇地说：“哎，这么巧呢，我也拿过奥斯卡最佳男配角，那是2010年的……”贝恩喘过气来插话道：“你俩拉家常呢？差不多就得了啊！”
泰特一脸冷漠地举起引爆器：“你杀了我父亲，现在我就要报仇！”一按引爆器，大家都等着炸弹爆炸的热浪袭来，结果却什么事情都没有发生。原来戈登已经把电磁波阻断器放到卡车里的中子弹上面。泰特赶紧乘坐蝙蝠坦克去追寻卡车，贝恩看着手捂伤口、倒地不起的蝙蝠侠，说道：“现在又剩我们俩了，上次断背还不过瘾，现在要让你断得彻底！”正准备动手，“砰”的一声！猫女驾着蝙蝠摩托开炮把贝恩的背炸断了。这回断的是真彻底。
猫女把蝙蝠侠扶起来关切地问道：“你现在还行不行？”蝙蝠侠强忍疼痛说道：“男人不能说不行！”他驾驶飞机和猫女驾驶摩托从两面开始夹击泰特的坦克车队。经过一番惊险离奇的追击战斗，装载中子弹的卡车摔下地下通道，车上的泰特被摔断脖子。临时前泰特引发河流，将安放在河道地下的清洁能源反应堆装置淹没。本来准备将中子弹放入装置可以缓解核衰变的唯一办法也没有用了。
距离爆炸只剩最后几分钟，蝙蝠侠果断用蝙蝠飞机吊住中子弹一直朝海上飞去，全城的人民都默默地看着这位甘愿牺牲生命的超级英雄渐渐远去。“轰”的一道白光闪过，海边升起一团蘑菇云。正义无私的蝙蝠侠终于成功拯救了高谭市，而他再也不能回来了。
影片的最后，福克斯发现飞机上其实具有自动驾驶功能，这说明布鲁斯能够在爆炸前安全逃脱。而借着旅游排解内心痛苦的阿尔弗雷德在餐厅意外邂逅到布鲁斯与猫女，两人正过着隐姓埋名的生活。《蝙蝠侠：黑暗骑士》三部曲就此完结。
一代英雄落幕，众人十里相送
,
