有的宝可梦拥有由于性别而造成的外貌差异。与尼多兰和尼多朗这类差异不同，这些外貌差异在第四世代才被加入。
这个效果与两性异形类似，在所有的这类宝可梦身上都能看见。
在《钻石／珍珠／白金》中，通往水脉市的闸门里，山梨博士的助手会给主角升级宝可梦图鉴来查看游戏中的性别差异（此外还可以查询形态差异）。
第五世代新增宝可梦的性别差异更加明显，这些宝可梦的两个性别有各自的绘图和形象数据空位，性别差异在宝可梦立体图鉴ＢＷ也被称为形态。
第六世代新增宝可梦的性别差异更甚于第五世代，不同性别的超能妙喵不仅外形拥有差异，特性和学会的招式也有差别，性别差异甚至比某些宝可梦的形态差异还要大。
烈咬陆鲨是唯一一只有性别差异的准传说的宝可梦。
拥有性别差异的宝可梦，其超级进化和地区形态却没有差异。
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