对于部分性发作的病人来说，病灶切除术是最好的手术治疗方法。一部分引起癫痫的大脑皮质会被切除。最常见的病灶切除术是颞叶切除术，或部分颞叶切除术。颞叶是倾向于引起癫痫的结构，颞叶的主要功能是记忆和情感，发生癫痫的颞叶部分通常没有这些功能，而被其他部分的颞叶所取代。
因此，切除这一病变的颞叶并不会引起记忆或情感障碍。实际上，手术后这些功能常常会更好。年龄较小的孩子，有时会有几个脑叶的畸形，如果这在大脑半球的一边出现，那么这个病人适合做多脑叶切除，即患侧大脑半球的大部分都被切除，或者半球切除术，即整个患侧大脑半球皮质全切除。
癫痫手术的合适人选必须达到一些标准。首先，必须明确的是药物治疗不能控制癫痫发生，或者药物治疗引起不可接受的副作用。第二，癫痫病灶必须是局灶性，就是必须发生于大脑的一个区域或者大脑的一边。第三，必须明确病变大脑区域切除不会带来不可接受的障碍，比如，丧失语言能力或者严重的运动缺陷。孩子一旦达到以上的标准，就应该考虑予以手术治疗。否则对孩子是没有一点好处的。
事实上，已经有充分证据证明孩子越小做手术，术后脑功能恢复的潜力越大。一般来说，小于3岁的癫痫患儿药物治疗1至2个月无效，就要考虑看小儿神经外科医生进行癫痫的外科治疗；大于3岁的癫痫患儿，药物治疗半年无效，也要考虑外科手术的治疗，否则，癫痫本身和药物的副作用导致脑发育迟缓的损害后果远远大于手术的副损伤。
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