九号：不，二号下面开始才是重点。杰尼亚这家伙还策划着更难以置信的计划。在月球表面伪装人类还存在，企图提高人形机器人们士气的计划。但是杰尼亚的计划 并不完全。管理月球服务器的卫星轨道基地会有情报流出的风险。所以我重新篡改了计划。新建的十三号基地的后门有机关，到一定时候便会开放。因为机械生命体 的袭击造成基地的毁灭，之后只能从月球基地进行通讯。
九号（缓缓的转过身，演讲一般的口气）：这样的话，我们人形机器人的【神】就这样在月球表面 被建立起来了！已经向月球表面的服务器传送了实施计划的程序，其中包括了我们尤尔哈机体的设计图。这样通过自动生产的尤尔哈机体我们的【神】便会诞 生。。。然后我们尤尔哈部队为了我们的【神】所殉教！呐，二号，我把这个计划取名为【尤尔哈计划】。ku！唔啊啊啊啊啊（九号转身时二号突然用刀刺了过 来。）
二号：拜托了，九号，你疯了！
九号：唔呜呜，但是。。。这计划已经，，，没法阻止了！我们会再次被制造。即便现在的我，被你所杀，真是，太好了。
二号（旁白）：夺取了九号性命的我，原地瘫坐着。火光之中隐约能看见九号的笑容。
九号（旁白）：呐，二号。我们所诞生的意义究竟是什么？
二号（旁白）：不知道，九号，不知道。这之后的未来，有的只会是悲剧。我们到底哪里错了？我们已经永远不会被原谅了。永远不会。。。
这些是玩到结局时出现的部分对话，现在来分析一下。
看了E结局，想了一天终于明白了为什么要删玩家的存档。意思大概是如果玩家继续玩下去，主角就一直进行着死亡循环(坏结局)。如果不再玩这个游戏了，主角就得到了自由与宁静(好结局)。
《尼尔-机械纪元》和《魔法少女小圆》一样是一个反题材的游戏，最终他是叫你不要再玩游戏了，不要再玩弄游戏主角的生命和人生。
