南京大学与东南大学是南京市的双子星985高校；双一流A类高校；南大还是华五高校之一；东南大学在江苏一直以第二高校的实力存在；由于历史原因和学科设置问题；最近几年东南大学在很多方面已经超过南大了。当然，南大总体上的实力还是在东南之上的；但是东南的办学实力已经相当接近南大了；并且在部分高阶数据上已经超过南大了。
在学科建设上；南大有有17学科进入ESI前1%学科，6个学科进入了ESI前1‰学科；东南有13学科进入了1%学科，3个学科进入了1‰学科；但是东南的工程学进入了万分之一学科；万分之一学科的含金量真是太高了；目前国内只有九所高校5个学科进入了万分之一学科，其中有7校都是工程学进入了万分之一学科；可见我国的工程学在世界上具有很强的实力。
在第四轮学科评估中，南大有A类学科21个；其中3个A 学科，11个A学科；东南有12个A类学科，其中有5个A 学科,1个A学科。从ESI学科数量和第四轮学科评估看，南大领先东南基本靠数量取胜，在学科质量省东南已经更胜一筹了。
在近五年的国家三大奖上，作为我国顶级高校的南大，也是表现相当的乏力了；两校把所获国家三大奖折合成得分，南大排在国内的第19名，东南大学排在了国内第七名；在这项国内最看重的数据上，南大已经让东大甩开了很远。可见南大最近5-10年在科研有成果，但是与东南相比差距还是很大的。在最近五年院士增选上，东大增选成功5人，南大增选4人成功。
2021年南大在N&S上发表7篇论文，东南只有一篇发表；在2021年全球高被引科学家数量上，南大有14次，东南有15次。最近几年南大在重大的科研上，取得的成果相对于东大，确实有被比下去的趋势；目前南大靠体量维持着华五高校的地位，在华五高校里面，基本也是沦为守门员的位置了；已经没有当年国立中央大学的风范了。
南大目前在部分高阶数据上已经低于东南，其实也是与南大早年的大拆分有很大的关系，目前的东南有很多学科早年也是在南大分出来的；南大很多的优势工科拆分出去以后，工科实力明显受损；以至于南大优势学科集中在文理学科上，工科有实力，但是没有达到顶级的水平。
进入本世纪以来，随着我国社会经济发展水平的提高，文理科高校在社会生活中的比重在降低；理工科高校影响力在社会生活中的日益提升。所以以文理学科为主的南大，最近一段时间确实发展得不顺；但是以南大的实力与体量，要想在工科上崛起还是不难的，主要是转换建校思路，在原有的文理学科上，支持工科建设，把握住现在的交叉学科和新工科的建设的契机；在理工科建设上再现王者风范。
