病毒性心肌炎的确诊相当困难。原因是病毒性心肌炎临床表现及多数辅助检查均缺乏特异性。如何结合临床表现与实验室检查结果确诊病毒性心肌炎，国际上尚无统一标准。仅有病毒感染或心肌炎本身的症状都不足以确诊。目前我国临床上对急性病毒性心肌炎的诊断多偏宽，主要依据以下几点:
心肌炎
（1）病史与体征：在上呼吸道感染、腹泻等病毒感染后3周内出现心脏表现，如出现不能用一般原因解释的感染后重度乏力、胸闷、头晕、心尖第一心音明显减弱、舒张期奔马律、心包摩擦音、心脏扩大、充血性心力衰竭或阿-斯综合征等。
（2）上述感染后3周内新出现下列心律失常或心电图改变：①窦性心动过速、房室传导阻滞、窦房阻滞或束支传导阻滞；②多源、成对室性期前收缩，自主性房性或交界性心动过速，阵发或非阵发性室性心动过速，心房或心室扑动或颤动；③2个以上导联ST段呈水平型或下斜型下移≥0. 01 mV，或ST段异常抬高，或出现异常Q波。
（3）心肌损伤的参考指标：病程中血清心肌肌钙蛋白I或肌钙蛋白T、CK-MB明显增高。超声心动图示心腔扩大或室壁活动异常和（或）核素心功能检查证实左室收缩或舒张功能减弱。
（4）病原学依据：①在急性期从心内膜、心肌、心包或心包穿刺液中检测出病毒、病毒基因片段或病毒蛋白抗原。②病毒抗体：第二份血清中同型病毒抗体（如柯萨奇B组病毒中和抗体或流行性感冒病毒血凝抑制抗体等）滴度较第一份血清升高4倍（两份血清应相隔2周以上），或一次抗体效价≥640者为阳性，≥320者为可疑阳性（如以1:32为基础者则宜以一次抗体效价≥256为阳性，≥128为可疑阳性，根据不同实验室标准做决定）。③病毒特异性IgM：以一次抗体效价≥1:320者为阳性。如同时有血中肠道病毒核酸阳性者更支持有近期病毒感染。
柯萨奇B组病毒
对同时具有上述"（1）" ，"（2）"，"（3）"中任何2项，在排除其他原因心肌疾病后，临床上可诊断急性病毒性心肌炎。如同时具有"（4）"中"①"项者，可从病原学上确诊急性病毒性心肌炎；如仅具有"（4）"中"②"、"③"项者，在病原学上只能拟诊为急性病毒性心肌炎。
如患者有阿-斯综合征发作、充血性心力衰竭、伴或不伴心肌梗死样心电图改变、心源性休克、急性肾衰竭、持续性室性心动过速伴低血压或心肌心包炎等1项或多项表现，可诊断为重症病毒性心肌炎。如仅在病毒感染后3周内出现少数期前收缩或轻度T波改变，不宜轻易诊断为急性病毒性心肌炎。
当存在缺血性胸痛综合征表现并有以下临床情况时考虑急性心肌炎：心电图表现为超过单支血管供应范围的心电图不正常，超声或左室造影见弥漫性心肌运动减弱。
在考虑病毒性心肌炎诊断时，应除外β受体功能亢进、甲状腺功能亢进症、二尖瓣脱
垂综合征及影响心肌的其他疾病，如风湿性心肌炎、中毒性心肌炎、冠心病、结缔组织病、代谢性疾病等。
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